São conhecidas diferentes interpretações para a origem do topónimo Alfena, hoje apenas corónimo (designação genérica de freguesia), muito por acção do Pe. Domingos A. Moreira, expressa na sua obra monográfica “Alfena, a Terra e o seu Povo” .

Segundo o Pe. Carvalho da Costa, na sua “Corografia Portuguesa”, datada de 1706, o nome Alfena teria origem “de huma batalha, que allidemos aos mouros em que entrárão sete Condes”, e que teria ocorrido no século VIII, acrescentando que na língua árabe “alfella” significa batalha.
 
Não colocando em causa a origem árabe da designação Alfena, Pinho Leal, no último quartel do século XIX, procurou corrigir a anterior explicação, sustentando a sua teoria no facto de Alfena ser um termo alusivo a “planta” e não em “alfella” que significa “acampamento ou arraial, mas não combate”.

Mais recentemente os investigadores Pedro Machado e António Losa referem que a interpretação mais credível, é a que associa o topónimo ao nome “al-henna” - planta arbustiva então abundante no local, de flores brancas e bagas negras e que servia para tingir.